同源搜索是生物信息学在分子生物学，蛋白质功能分析和药物开发领域的巨大应用。
为了在不断增长的数据库中执行批量搜索，基本方法是对每个原始查询运行Blast或通过将它们分组在一起来串联查询。
本文提出了一种增强的具有序列压缩和聚类的蛋白质同源性批量搜索算法（C2-BLASTP），该算法利用了查询序列和数据库之间的联合信息。
在C2-BLASTP中，查询和数据库首先通过冗余分析进行压缩。
然后根据子序列相似度对数据库进行聚类。
此后，可以在群集数据库中实现命中查找。
此外，基于潜在的命中结果来重建最终执行数据库，以减轻序列数据库不断扩大的规模。
最后，在执行数据库中进行同源批搜索。
在NCBINR数据库上进行的实验证明，在同源性准确性，搜索速度和内存使用方面，C2-BLASTP对于同源性批量搜索的有效性。
为了在不断增长的数据库中执行批量搜索，基本方法是对每个原始查询运行Blast或通过将它们分组在一起来串联查询。
本文提出了一种增强的具有序列压缩和聚类的蛋白质同源性批量搜索算法（C2-BLASTP），该算法利用了查询序列和数据库之间的联合信息。
在C2-BLASTP中，查询和数据库首先通过冗余分析进行压缩。
然后根据子序列相似度对数据库进行聚类。
此后，可以在群集数据库中实现命中查找。
此外，基于潜在的命中结果来重建最终执行数据库，以减轻序列数据库不断扩大的规模。
最后，在执行数据库中进行同源批搜索。
在NCBINR数据库上进行的实验证明，在同源性准确性，搜索速度和内存使用方面，C2-BLASTP对于同源性批量搜索的有效性。
2024/12/12 13:14:20
256KB
1
陈立杰（WJMZBMR），现就读于清华大学交叉信息学院。
自2010年8月以来，多次在信息学奥赛（OI）中取得令人震惊的好成绩，是OI界的奇迹人物之一。
他的《可持久化数据结构研究》[2]，《区间众数解题报告》[3]，《后缀自动机讲稿》[1]是重要的信息学学习材料。
自2010年8月以来，多次在信息学奥赛（OI）中取得令人震惊的好成绩，是OI界的奇迹人物之一。
他的《可持久化数据结构研究》[2]，《区间众数解题报告》[3]，《后缀自动机讲稿》[1]是重要的信息学学习材料。
2.71MB
1
生物信息学:序列和基因组分析(Bioinformatics:SequenceandGenome英文版
2024/7/20 18:32:47
5.64MB
1
在日常工作中，钉钉打卡成了我生活中不可或缺的一部分。然而，有时候这个看似简单的任务却给我带来了不少烦恼。
每天早晚，我总是得牢记打开钉钉应用，点击"工作台"，再找到"考勤打卡"进行签到。有时候因为工作忙碌，会忘记打卡，导致考勤异常，影响当月的工作评价。而且，由于我使用的是苹果手机，有时候系统更新后，钉钉的某些功能会出现异常，使得打卡变得更加麻烦。
另外，我的家人使用的是安卓手机，他们也经常抱怨钉钉打卡的繁琐。尤其是对于那些不太熟悉手机操作的长辈来说，每次打卡都是一次挑战。他们总是担心自己会操作失误，导致打卡失败。
为了解决这些烦恼，我开始思考是否可以通过编写一个全自动化脚本来实现钉钉打卡。经过一段时间的摸索和学习，我终于成功编写出了一个适用于苹果和安卓系统的钉钉打卡脚本。
2024-04-09 15:03
15KB