通过序列压缩和聚类增强蛋白质同源性批量搜索算法

研究论文

通过序列压缩和聚类增强蛋白质同源性批量搜索算法
同源搜索是生物信息学在分子生物学，蛋白质功能分析和药物开发领域的巨大应用。
为了在不断增长的数据库中执行批量搜索，基本方法是对每个原始查询运行Blast或通过将它们分组在一起来串联查询。
本文提出了一种增强的具有序列压缩和聚类的蛋白质同源性批量搜索算法（C2-BLASTP），该算法利用了查询序列和数据库之间的联合信息。
在C2-BLASTP中，查询和数据库首先通过冗余分析进行压缩。
然后根据子序列相似度对数据库进行聚类。
此后，可以在群集数据库中实现命中查找。
此外，基于潜在的命中结果来重建最终执行数据库，以减轻序列数据库不断扩大的规模。
最后，在执行数据库中进行同源批搜索。
在NCBINR数据库上进行的实验证明，在同源性准确性，搜索速度和内存使用方面，C2-BLASTP对于同源性批量搜索的有效性。
本软件ID:15465877

文件下载

资源详情

-其它

评论信息

其他资源

免责申明

【好快吧下载】的资源来自网友分享，仅供学习研究，请务必在下载后24小时内给予删除，不得用于其他任何用途，否则后果自负。基于互联网的特殊性，【好快吧下载】无法对用户传输的作品、信息、内容的权属或合法性、合规性、真实性、科学性、完整权、有效性等进行实质审查；无论【好快吧下载】经营者是否已进行审查，用户均应自行承担因其传输的作品、信息、内容而可能或已经产生的侵权或权属纠纷等法律责任。
本站所有资源不代表本站的观点或立场，基于网友分享，根据中国法律《信息网络传播权保护条例》第二十二条之规定，若资源存在侵权或相关问题请联系本站客服人员，8686821#qq.com，请把#换成@，本站将给予最大的支持与配合，做到及时反馈和处理。关于更多版权及免责申明参见版权及免责申明

通过序列压缩和聚类增强蛋白质同源性批量搜索算法

文件下载

资源详情

评论信息

其他资源

免责申明

个人信息

一言

相关资源标签

热门下载

最新下载