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GATKHaplotypeCallerSNPCalling自动化流程
上传者:
yebo_cau
|
上传时间:
|
文件大小:7KB
|
文件类型:sh
GATK
SNAP
Calling
GATKHaplotypeCallerSNPCalling自动化流程
使用GATK进行SNPCallling的自动化流程。
基于GATK3.3以上版本的HaplotypeCaller标准流程进行,测试脚本以sra文件为最初输入,将读取文件见内的所有sra文件(视为同一个样本的数据),进行SNPCalling产生GVCF,然后用户可自行进行jointCall
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育
评论信息
wilkingBT:
已有全基因组重测序的cleandata,能否直接用该流程进行群call?
2020-12-31
YuNing:
已有全基因组重测序的cleandata,能否直接用该流程进行群call?
2020-12-31
hzaubbc:
能不能给一个sra格式参考一下,谢谢~
2019-11-13
科研院-冯吉:
能不能给一个sra格式参考一下,谢谢~
2019-11-13
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